聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的試驗(yàn)污染：PCR反應(yīng)的很大特點(diǎn)是具有較大擴(kuò)增能力與極高的靈敏性，但令人腦袋不適的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生。 污染原因：標(biāo)本間交叉污染：標(biāo)本污染主要有收集標(biāo)本的容器被污染，或標(biāo)本放置時，由于密封不嚴(yán)溢于容器外，或容器外粘有標(biāo)本而造成相互間交叉污染；標(biāo)本核酸模板在提取過程中，由于吸樣污染導(dǎo)致標(biāo)本間污染；有些微生物標(biāo)本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴(kuò)散，導(dǎo)致彼此間的污染。PCR試劑的污染：主要是由于在PCR試劑配制過程中，由于加樣、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。嵌套聚合酶鏈反應(yīng)：通過減少DNA非特異性擴(kuò)增的背景，提高DNA擴(kuò)增的特異性。黃山實(shí)時熒光PCR

序列標(biāo)簽站點(diǎn)是一個過程，其中PCR被用作基因組的特定片段存在于特定克隆中的指示物。人類基因組計(jì)劃發(fā)現(xiàn)這一應(yīng)用對于繪制他們測序的粘?？寺∫约皡f(xié)調(diào)不同實(shí)驗(yàn)室的結(jié)果至關(guān)重要。聚合酶鏈反應(yīng)的一個令人興奮的應(yīng)用是對來自遠(yuǎn)古來源的DNA進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析，例如在尼安德特人的復(fù)原骨骼中、從猛犸的冷凍組織中或從埃及木乃伊的大腦中發(fā)現(xiàn)的DNA已經(jīng)被放大和測序。]在某些情況下，這些來源的高度降解的DNA可能在擴(kuò)增的早期階段重新組裝。聚合酶鏈反應(yīng)的一個常見應(yīng)用是對以下基因表達(dá)模式的研究。組織(甚至單個細(xì)胞)可以在不同階段進(jìn)行分析，以了解哪些基因變得活躍，哪些基因被關(guān)閉。該應(yīng)用還可以使用定量聚合酶鏈反應(yīng)來定量表達(dá)的實(shí)際水平。黃山實(shí)時熒光PCR許多疾病的未知病因的測序正在通過聚合酶鏈反應(yīng)得到解決。

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)的試驗(yàn)污染：陽性對照：在建立PCR反應(yīng)實(shí)驗(yàn)室及一般的檢驗(yàn)單位都應(yīng)設(shè)有PCR陽性對照，它是PCR反應(yīng)是否成功、產(chǎn)物條帶位置及大小是否合乎理論要求的一個重要的參考標(biāo)志。陽性對照要選擇擴(kuò)增度中等、重復(fù)性好，經(jīng)各種鑒定是該產(chǎn)物的標(biāo)本，如以重組質(zhì)粒為陽性對照，其含量宜低不宜高（100個拷貝以下）。但陽性對照尤其是重組質(zhì)粒及高濃度陽性標(biāo)本，其對檢測或擴(kuò)增樣品污染的可能性很大。因而當(dāng)某一PCR試劑經(jīng)自己使用穩(wěn)定，檢驗(yàn)人員心中有數(shù)時，在以后的實(shí)驗(yàn)中可免設(shè)陽性對照。陰性對照：每次PCR實(shí)驗(yàn)務(wù)必做陰性對照。它包括：標(biāo)本對照：被檢的標(biāo)本是血清就用鑒定后的正常血清作對照；被檢的標(biāo)本是組織細(xì)胞就用相應(yīng)的組織細(xì)胞作對照。試劑對照：在PCR試劑中不加模板DNA或RNA,進(jìn)行PCR擴(kuò)增，以監(jiān)測試劑是否污染。

聚合酶鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法：MgCl2濃度過高。可適當(dāng)降低其用量。模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50 ng，而基因組DNA則應(yīng)<200 ng。引物濃度不夠優(yōu)化。對引物進(jìn)行梯度稀釋重復(fù)PCR反應(yīng)。循環(huán)次數(shù)過多；增加模板量減少循環(huán)次數(shù)至30，縮短退火時間及延伸時間，或改用二種溫度的PCR循環(huán)。退火溫度過低。電泳體系有問題：凝膠中緩沖液和電泳緩沖液濃度相差太大；凝膠沒有凝固好；瓊脂糖質(zhì)量差。若為PCR試劑盒則可能：由于運(yùn)輸儲存不當(dāng)引起試劑盒失效；試劑盒本身質(zhì)量有問題，如引物選擇、循環(huán)參數(shù)等選擇不當(dāng)。降解的陳舊模板擴(kuò)增也易產(chǎn)生涂布。流聚合酶鏈反應(yīng)：一種偽等溫PCR方法。

聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)：模板的制備，PCR的模板可以是DNA，也可以是RNA。模板的取材主要依據(jù)PCR的擴(kuò)增對象，可以是病原體標(biāo)本如病毒、細(xì)菌、菌類等。也可以是病理生理標(biāo)本如細(xì)胞、血液、羊水細(xì)胞等。法醫(yī)學(xué)標(biāo)本有血斑、精斑、毛發(fā)等。標(biāo)本處理的基本要求是除去雜質(zhì)，并部分純化標(biāo)本中的核酸。多數(shù)樣品需要經(jīng)過SDS和蛋白酶K處理。難以破碎的細(xì)菌，可用溶菌酶加EDTA處理。所得到的粗制DNA，經(jīng)酚、氯仿抽提純化，再用乙醇沉淀后用作PCR反應(yīng)模板。PCR由變性-退火-延伸三個基本反應(yīng)步驟構(gòu)成。黃山實(shí)時熒光PCR

像所有酶一樣，DNA聚合酶也容易出錯，這反過來會導(dǎo)致產(chǎn)生的PCR片段發(fā)生突變。黃山實(shí)時熒光PCR

聚合酶鏈反應(yīng)也可以用作以下敏感試驗(yàn)的一部分組織分型，對移植至關(guān)重要。截至2008年，甚至有人提議用聚合酶鏈反應(yīng)檢測取代傳統(tǒng)的血型抗體檢測。許多形式的病癥涉及致病基因的改變。通過使用基于聚合酶鏈反應(yīng)的測試來研究這些突變，醫(yī)治方案有時可以根據(jù)患者的不同而不同。聚合酶鏈反應(yīng)可以早期診斷惡性疾病，如白血病和淋巴瘤，這是目前病癥研究中發(fā)展很快的，并且已經(jīng)被常規(guī)使用。PCR檢測可以直接在基因組DNA樣品上進(jìn)行，以檢測易位特異性惡性細(xì)胞，其靈敏度至少是其他方法的10，000倍。聚合酶鏈反應(yīng)在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域非常有用，因?yàn)樗试S分離和擴(kuò)增病癥抑制劑。例如，定量PCR可以用于量化和分析單細(xì)胞，以及識別DNA、mRNA和蛋白質(zhì)的確認(rèn)和組合。黃山實(shí)時熒光PCR

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