Real-time PCR鏈式反應(yīng)的常見問題：靶序列變異：如靶序列發(fā)生突變或缺失，影響引物與模板特異性結(jié)合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補序列，其PCR擴增是不會成功的。假陽性：出現(xiàn)的PCR擴增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。引物設(shè)計不合適：選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性，因而在進行PCR擴增時，擴增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽性。需重新設(shè)計引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有：減少酶量，或調(diào)換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈式反應(yīng)準備：PCR所用的酶主要有兩種來源：Taq和Pfu，分別來自兩種不同的噬熱菌。Real-time PCR反是一項利用DNA雙鏈復(fù)制的原理。溫州分子生物學(xué)數(shù)字PCR設(shè)計公司

為了便于對所檢測樣本進行比較，在real-timeQ-PCR反應(yīng)的指數(shù)期，首先需設(shè)定一定熒光信號的域值，一般這個域值（threshold）是以PCR反應(yīng)的前15個循環(huán)的熒光信號作為熒光本底信號（baseline），熒光域值的缺省設(shè)置是3～15個循環(huán)的熒光信號的標準偏差的10倍。如果檢測到熒光信號超過域值被認為是真正的信號，它可用于定義樣本的域值循環(huán)數(shù)（Ct）。Ct值的含義是：每個反應(yīng)管內(nèi)的熒光信號達到設(shè)定的域值時所經(jīng)歷的循環(huán)數(shù)。研究表明，每個模板的Ct值與該模板的起始拷貝數(shù)的對數(shù)存在線性關(guān)系，起始拷貝數(shù)越多，Ct值越小。利用已知起始拷貝數(shù)的標準品可作出標準曲線，因此只要獲得未知樣品的Ct值，即可從標準曲線上計算出該樣品的起始拷貝數(shù)。無錫組織PCR檢測技術(shù)聚合酶鏈反應(yīng)應(yīng)經(jīng)常使用帶有一次性柱塞和超長移液器吸頭的移液器。

Real-time PCR雙熒光標記探針設(shè)計原則：具體的其他要求可以具體聯(lián)系設(shè)計公司，拿到合成好的引物，需要先確認引物的性能?？梢杂眠@對引物先擴增梯度稀釋后的標準品（標準品介紹見后續(xù)內(nèi)容）。由不同梯度標準品的加量和其對應(yīng)的Ct值，描繪出一條標準曲線。這里要注意根據(jù)標準曲線得到的參數(shù)是非常重要的。引物性能確認：1.決定系數(shù)R2大于0.98，越接近于1，結(jié)果越可靠。2.擴增效率一般要求在0.8-1.2，越接近于1，越好。3.檢測的靈敏度，必須確認，通常要求35個循環(huán)以內(nèi)，一般可以得到比較好的定量結(jié)果，30個循環(huán)以內(nèi)，沒有非特異性擴增產(chǎn)生。4.NTC是必須要確認的，通常要求30個循環(huán)內(nèi)沒有引物二聚體產(chǎn)生。

Real-time PCR實驗常用的RNA酶抑制劑：1.焦磷酸二乙酯（DEPC）：是一種強烈但不徹底的RNA酶抑制劑。它通過和RNA酶的活性基團組氨酸的咪唑環(huán)結(jié)合使蛋白質(zhì)變性，從而抑制酶的活性。2.異硫氰酸胍：目前被認為是較有效的RNA酶抑制劑，它在裂解組織的同時也使RNA酶失活。它既可破壞細胞結(jié)構(gòu)使核酸從蛋白中解離出來，又對RNA酶有強烈的變性作用。3.氧釩核糖核苷復(fù)合物：由氧化釩離子和核苷形成的復(fù)合物，它和RNA酶結(jié)合形成過渡態(tài)類物質(zhì)，幾乎能完全抑制RNA酶的活性。4.RNA酶的蛋白抑制劑（RNasin）：從大鼠肝或人胎盤中提取得來的酸性糖蛋白。RNasin是RNA酶的一種非競爭性抑制劑，可以和多種RNA酶結(jié)合，使其失活。5.其它：SDS、尿素、硅藻土等對RNA酶也有一定抑制作用。聚合酶鏈式反應(yīng)的特異性依賴于與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。

內(nèi)標在傳統(tǒng)定量中的作用，由于傳統(tǒng)定量方法都是終點檢測，即PCR到達平臺期后進行檢測，而PCR經(jīng)過對數(shù)期擴增到達平臺期時，檢測重現(xiàn)性極差。同一個模板在96孔PCR儀上做96次重復(fù)實驗，所得結(jié)果有很大差異，因此無法直接從終點產(chǎn)物量推算出起始模板量。加入內(nèi)標后，可部分消除終產(chǎn)物定量所造成的不準確性。但即使如此，傳統(tǒng)的定量方法也都只能算作半定量、粗略定量的方法。內(nèi)標對定量PCR的影響，若在待測樣品中加入已知起始拷貝數(shù)的內(nèi)標，則PCR反應(yīng)變?yōu)殡p重PCR，雙重PCR反應(yīng)中存在兩種模板之間的干擾和競爭，尤其當兩種模板的起始拷貝數(shù)相差比較大時，這種競爭會表現(xiàn)得更為明顯。但由于待測樣品的起始拷貝數(shù)是未知的，所以無法加入合適數(shù)量的已知模板作為內(nèi)標。也正是這個原因，傳統(tǒng)定量方法雖然加入內(nèi)標，但仍然只是一種半定量的方法。實時熒光定量PCR以熒光化學(xué)物質(zhì)測每次聚合酶鏈式反應(yīng)（PCR）循環(huán)后產(chǎn)物總量的方法。蘇州實時熒光PCR服務(wù)

重疊延伸聚合酶鏈反應(yīng)可以創(chuàng)造特定的長DNA構(gòu)建體。溫州分子生物學(xué)數(shù)字PCR設(shè)計公司

Real-time PCR鏈反應(yīng)的常見問題分析與解決方法：反應(yīng)緩沖液未完全融化或未充分混勻。確保反應(yīng)緩沖液融化完全并徹底混勻。引物特異性差。利用BLAST檢查引物特異性或重新設(shè)計引物。引物量過多。減少反應(yīng)體系中引物的用量。模板量過多。質(zhì)粒DNA的用量應(yīng)<50ng，而基因組DNA則應(yīng)<200ng。外源DNA污染。確保操作的潔凈。陰性對照出現(xiàn)條帶：試劑，頭，工作臺污染。使用全新的試劑和頭，對工作臺進行清潔。條帶大小與理論不符：污染。使用全新的試劑和頭，對工作臺進行清潔。模板或引物使用錯誤。更換引物和模板?；騺喰?。對研究的基因進行序列分析和BLAST研究。逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)較廣用于表達譜，以確定基因的表達或鑒定RNA轉(zhuǎn)錄物的序列。溫州分子生物學(xué)數(shù)字PCR設(shè)計公司

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