引物的設計注意事項：1，引物設計要跨內(nèi)含子，不能在一個外顯子上（我們的實驗是以cDNA為模板來擴增的，如果有DNA污染的話，因為DNA上含有分子量很大的內(nèi)含子，不可能完成擴增。這對我們消除整個實驗的誤差起很大的作用）。2，引物設計的時候要盡可能設計在同一退火溫度，方便于以后同時擴增很多不同的基因片段。但是如果相差比較大，就得分開做，浪費模板，浪費管家基因，所以每個實驗室設計引物的時候要盡可能一致，這樣就不用每次查退火溫度，且對整個實驗有利。擴增后用內(nèi)切酶消化PCR產(chǎn)物，競爭性模板的產(chǎn)物被酶解為兩個片段。溫州實時RT-PCR檢測技術技術服務

Real-time PCR鏈式反應的常見問題：靶序列變異：如靶序列發(fā)生突變或缺失，影響引物與模板特異性結合，或因靶序列某段缺失使引物與模板失去互補序列，其PCR擴增是不會成功的。假陽性：出現(xiàn)的PCR擴增條帶與目的靶序列條帶一致，有時其條帶更整齊，亮度更高。引物設計不合適：選擇的擴增序列與非目的擴增序列有同源性，因而在進行PCR擴增時，擴增出的PCR產(chǎn)物為非目的性的序列。靶序列太短或引物太短，容易出現(xiàn)假陽性。需重新設計引物。出現(xiàn)片狀拖帶或涂抹帶：PCR擴增有時出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質量差，dNTP濃度過高，Mg2+濃度過高，退火溫度過低，循環(huán)次數(shù)過多引起。其對策有：減少酶量，或調換另一來源的酶。②減少dNTP的濃度。適當降低Mg2+濃度。增加模板量，減少循環(huán)次數(shù)。聚合酶鏈式反應準備：PCR所用的酶主要有兩種來源：Taq和Pfu，分別來自兩種不同的噬熱菌。溫州分子生物學Real-time PCR聚合酶鏈式反應準備：PCR所用的酶主要有兩種來源：Taq和Pfu，分別來自兩種不同的噬熱菌。

聚合酶鏈式反應的試驗污染：PCR反應的很大特點是具有較大擴增能力與極高的靈敏性，但令人腦袋不適的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生。污染原因：標本間交叉污染：標本污染主要有收集標本的容器被污染，或標本放置時，由于密封不嚴溢于容器外，或容器外粘有標本而造成相互間交叉污染；標本核酸模板在提取過程中，由于吸樣污染導致標本間污染；有些微生物標本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴散，導致彼此間的污染。PCR試劑的污染：主要是由于在PCR試劑配制過程中，由于加樣、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。如果基因的基因組DNA序列是已知的，逆轉錄-聚合酶鏈反應可以用來繪制基因中外顯子和內(nèi)含子的位置。

Real-time PCR雙熒光標記探針設計原則：具體的其他要求可以具體聯(lián)系設計公司，拿到合成好的引物，需要先確認引物的性能?？梢杂眠@對引物先擴增梯度稀釋后的標準品（標準品介紹見后續(xù)內(nèi)容）。由不同梯度標準品的加量和其對應的Ct值，描繪出一條標準曲線。這里要注意根據(jù)標準曲線得到的參數(shù)是非常重要的。引物性能確認：1.決定系數(shù)R2大于0.98，越接近于1，結果越可靠。2.擴增效率一般要求在0.8-1.2，越接近于1，越好。3.檢測的靈敏度，必須確認，通常要求35個循環(huán)以內(nèi)，一般可以得到比較好的定量結果，30個循環(huán)以內(nèi)，沒有非特異性擴增產(chǎn)生。4.NTC是必須要確認的，通常要求30個循環(huán)內(nèi)沒有引物二聚體產(chǎn)生?，F(xiàn)在有些PCR因為擴增區(qū)很短，即使Taq酶活性不是很好也能在很短的時間內(nèi)復制完成。

Real-time PCR螢光染料摻入法:在PCR反應體系中，加入過量SYBR螢光染料，SYBR螢光染料特異性地摻入DNA雙鏈后，發(fā)射螢光信號，而不摻入鏈中的SYBR染料分子不會發(fā)射任何螢光信號，從而保證螢光信號的增加與PCR產(chǎn)物的增加完全同步。此方法適用于：1、靈敏度高：使用SYBR可使螢光效果增強到1000倍以上。2、通用性好,不需要設計探針,方法簡便,省時,價格低廉。3、通用型方法，在國內(nèi)外科研中普遍使用。4、高通量大規(guī)模的定量PCR檢測。5、專一性要求不高的定量PCR檢測。PCR反應的很大特點是具有較大擴增能力與極高的靈敏性。珠海特殊樣本RT-PCR檢測技術設計公司

聚合酶鏈式反應是80年代中期發(fā)展起來的體外核酸擴增技術。溫州實時RT-PCR檢測技術技術服務

Real-time PCR反應：多重連接依賴探針擴增（MLPA):允許用單個引物對擴增多個靶標，從而避免多重PCR的分辨率限制。多重聚合酶鏈反應:由單個PCR混合物中的多個引物組組成，以產(chǎn)生對不同DNA序列特異的不同大小的擴增子。通過同時靶向多個基因，可以從單次測試中獲得額外的信息，否則將需要幾次試劑和更多時間來執(zhí)行。每個引物組的退火溫度必須優(yōu)化，以在單個反應中正確工作，并符合擴增子尺寸。也就是說，當通過凝膠電泳可視化時，它們的堿基對長度應該足夠不同以形成不同的條帶。溫州實時RT-PCR檢測技術技術服務

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