聚合酶鏈式反應的特點:特異性強,PCR反應的特異性決定因素為:引物與模板DNA特異正確的結合;堿基配對原則;Taq DNA聚合酶合成反應的忠實性;靶基因的特異性與保守性。其中引物與模板的正確結合是關鍵。引物與模板的結合及引物鏈的延伸是遵循堿基配對原則的。聚合酶合成反應的忠實性及TaqDNA聚合酶耐高溫性,使反應中模板與引物的結合(復性)可以在較高的溫度下進行,結合的特異性增加,被擴增的靶基因片段也就能保持很高的正確度。再通過選擇特異性和保守性高的靶基因區(qū),其特異性程度就更高。嵌套式PCR在特異性擴增長DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功,但它需要更詳細的目標序列知識。蘇州細胞數字PCR技術服務
聚合酶鏈式反應的循環(huán)參數:預變性,模板DNA完全變性與PCR酶的完全對PCR能否成功至關重要,建議加熱時間參考試劑說明書,一般未修飾的Taq酶時間為兩分鐘。變性步驟,循環(huán)中一般95℃,30秒足以使各種靶DNA序列完全變性,可能的情況下可縮短該步驟時間。變性時間過長損害酶活性,過短靶序列變性不徹底,易造成擴增失敗。引物退火,退火溫度需要從多方面去決定,一般根據引物的Tm值為參考,根據擴增的長度適當下調作為退火溫度。然后在此次實驗基礎上做出預估。退火溫度對PCR的特異性有較大影響。引物延伸,引物延伸一般在72℃進行(Taq酶很適溫度)。但在擴增長度較短且退火溫度較高時,本步驟可省略延伸時間隨擴增片段長短而定,一般推薦在1000bp以上,含Pfu及其衍生物的衍生設定為1min/kbp。循環(huán)數,大多數PCR含25-35循環(huán),過多易產生非特異擴增。延伸,在一個循環(huán)后,反應在72℃維持10-30分鐘.使引物延伸完全,并使單鏈產物退火成雙鏈。蘇州細胞數字PCR技術服務聚合酶鏈反應可以選擇這些突變來理解蛋白質是如何完成其功能的,并改變或改善蛋白質功能。
聚合酶鏈式反應是一種在體外快速擴增特定基因或DNA序列的方法,故又稱為基因的體外擴增法。PCR技術類似于DNA的天然復制過程,其特異性依賴于與靶序列兩端互補的寡核苷酸引物。PCR能快速特異擴增任何已知目的基因或DN段,并能輕易在皮克(pg)水平起始DNA混合物中的目的基因擴增達到納克、微克、毫克級的特異性DN段。因此,PCR技術一經問世就被迅速而較廣地用于分子生物學的各個領域?!‘惓=Y果: 各種疾病所致的異常,例如梅毒。一期梅毒。即硬下疳 ,潛伏期2-4周,外生殖器部位發(fā)生暗紅色硬腫塊 、淺潰瘍 ,有軟骨樣硬度,周圍淋巴結腫大。二期梅毒。在一期梅毒 1-2 個月之后,全身皮膚、粘膜發(fā)生對稱泛發(fā)皮疹、斑疹、、疹等。粘膜可發(fā)生粘膜斑、扁平濕疣,傳染性強。三期梅毒。發(fā)生在染上后2-3年乃至10年,皮膚為樹膠樣腫,還可涉及骨、關節(jié)、心、血管,表現(xiàn)為主動脈炎、主動脈瓣閉鎖不全和主動脈瘤等,侵及神經為脊髓癆 ,全身麻痹 ( 麻痹性癡呆 )等等?!⌒枰獧z查的人群:疑似某種特定的疾病病人,進行分子特異性檢查。
聚合酶鏈式反應:反應的控制:PCR反應的緩沖液 提供合適的酸堿度與某些離子;鎂離子濃度 總量應比dNTPs的濃度高,常用1.5mmol/L;底物濃度 dNTP以等摩爾濃度配制,20~200umol/L;TaqDNA聚合酶 2.5U(100ul);引物濃度一般為0.1 ~ 0.5umol/L;反應溫度和循環(huán)次數;變性溫度和時間 95℃,30s;退火溫度和時間 低于引物Tm值5 ℃左右,一般在45~55℃;延伸溫度和時間 72℃,1min/kb(10kb內);Tm值=4(G+C) +2(A+T);循環(huán)次數 :一般為25 ~ 30次。循環(huán)數決定PCR擴增的產量。模板初始濃度低,可增加循環(huán)數以便達到有效的 擴增量。但循環(huán)數并不是可以無限增加的。一般循環(huán)數為30個左右,循環(huán)數超過30個以后,DNA聚合酶活性逐漸達到飽和,產物的量不再隨循環(huán)數的增加而增加,出現(xiàn)了所謂的“平臺期”。多重連接依賴探針擴增允許用單個引物對擴增多個靶標,從而避免多重PCR的分辨率限制。
聚合酶鏈式反應的常見問題:靶序列或擴增產物的交叉污染:這種污染有兩種原因:一是整個基因組或大片段的交叉污染,導致假陽性。這種假陽性可用以下方法解決:操作時應小心輕柔,防止將靶序列吸入加樣內或濺出離心管外。除酶及不能耐高溫的物質外,所有試劑或器材均應高壓消毒。所用離心管及樣進頭等均應一次性使用。必要時,在加標本前,反應管和試劑用紫外線照射,以破壞存在的核酸。二是空氣中的小片段核酸污染,這些小片段比靶序列短,但有一定的同源性??苫ハ嗥唇?,與引物互補后,可擴增出PCR產物,而導致假陽性的產生,可用巢式PCR方法來減輕或消除。PCR產物的生成量是以指數方式增加的,能將皮克量級的起始待測模板擴增到微克水平。蘇州細胞數字PCR技術服務
流聚合酶鏈反應將溶液置于熱梯度下,而不是反復加熱和冷卻聚合酶鏈反應混合物。蘇州細胞數字PCR技術服務
聚合酶鏈式反應準備:PCR所用的酶主要有兩種來源:Taq和Pfu,分別來自兩種不同的噬熱菌。其中Taq擴增效率高但易發(fā)生錯配。Pfu擴增效率弱但有糾錯功能。所以實際使用時根據需要必須做不同的選擇。模板即擴增用的DNA,可以是任何來源,但有兩個原則,純度必須較高,第二濃度不能太高以免抑制。緩沖液的成分很為復雜,除水外一般包括四個有效成分:緩沖體系,一般使用HEPES或MOPS緩沖體系;一價陽離子,一般采用鉀離子,但在特殊情況下也可使用銨根離子;二價陽離子,即鎂離子,根據反應體系確定,除特殊情況外不需調整;輔助成分,常見的有DMSO、甘油等,主要用來保持酶的活性和幫助DNA解除纏繞結構。蘇州細胞數字PCR技術服務
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Real-time PCR鏈反應:嵌套聚合酶鏈反應:通過減少DNA非特異性擴增的背景,提高DNA擴增的特異性。兩組引物用于兩個連續(xù)的PCR。在個反應中,一對引物用于產生DNA產物,除了預期的靶之外,該產物可能仍然由非特異性擴增的DN段組成。然后用一組引物將產物用于第二次聚合酶鏈反應,所述引物的結合位點完全或部分不同于次反應中使用的每個引物,并且位于其中的3’。嵌套式PCR在特異性擴增長DN段方面通常比傳統(tǒng)PCR更成功,但它需要更詳細的目標序列知識。重疊延伸聚合酶鏈反應或者通過重疊延伸拼接(SOEing):一種用于將兩個或多個含有互補序列的DN段拼接在一起的基因工程技術。它用于連接含有基因、調節(jié)...