全轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態(tài)下所能轉錄出來的所有RNA,主要為mRNA和lncRNA、circRNA等非編碼RNA。外泌體中攜帶有來自母本細胞的多種蛋白質、脂類、短鏈RNA和長鏈RNA等重要信息。對外泌體中的長鏈RNA進行全轉錄組測序及分析,不只能夠篩選外泌體攜帶的特異Biomarker,同時對深入了解疾病或不同發(fā)育階段的內(nèi)在機制也有重要意義。外泌體全轉錄組測序體系,充分結合了微量核酸建庫技術、NGS技術和全新的生物信息序列比對算法,可實現(xiàn)對1mL血漿中的外泌體即可進行mRNA、lncRNA和circRNA等RNAs充分測序,獲取周全的外泌體轉錄組信息。外泌體膜中有膜轉運融合蛋白annexins、RAN、GTPases。干細胞外泌體示蹤
超速離心是外泌體提取較常用的方法也被認為是金標準,主要是根據(jù)外泌體的沉降系數(shù)、大小和形狀將其分離出來。首先4℃低速離心(300-500g,10min)去除死細胞以及細胞碎片,隨后以較高離心速度(2000xg,10min)去除生物聚合物以及凋亡小體,然后用10000xg,30min離心去除大型囊泡,結尾以超速離心沉淀外泌體。通過懸浮以及重復超速離心去除外泌體沉淀中的非外泌體蛋白。超速離心法具有操作簡單、不易被分離試劑污染、獲得的外泌體數(shù)量較多等優(yōu)點。但是此方法需要昂貴的超高速離心機,每次處理的樣本量較小,費時,電鏡鑒定時還發(fā)現(xiàn)外泌體易聚集成塊,且上清中仍能檢測到大型囊泡,純度不高,另外高速離心會損傷外泌體影響下游實驗。吉林外泌體脂質組學選擇的分離方式是利用超速離心的方式分離外泌體,并且可以選用梯度密度離心法得到純度更高的外泌體。
流式細胞技術是細胞和小顆粒定性和定量表征的有效方法,其用于外泌體定量檢測的準確性也在不斷上升。將外泌體表面特異性標志物CD63、CD81等相應抗體進行標記,可用流式細胞儀檢測到陽性表達,從而實現(xiàn)對外泌體的定量。但流式細胞技術檢測時需要單顆粒懸浮液,當外泌體濃度高或分離過程中發(fā)生外泌體囊泡聚集時將導致一次觀察到多個顆粒,從而導致數(shù)據(jù)不準確。因此,為了通過流式細胞儀觀察,需要將外泌體通過免疫捕獲或共價結合固定在磁珠表面上,從而便于將外泌體囊泡暴露于已知或者預期在外泌體表面表達的抗原的熒光偶聯(lián)抗體中。在流式細胞術之前,可在落射熒光顯微鏡(EPI)下觀察與磁珠和熒光抗體偶聯(lián)的外泌體囊泡。當樣品通過流式細胞儀時采集熒光信號,不只可以對外泌體進行高通量分析,還可以基于抗原表達對外泌體進行定量或分類。
超速離心是外泌體提取較常用的方法也被認為是金標準,主要是根據(jù)外泌體的沉降系數(shù)、大小和形狀將其分離出來。首先4℃低速離心(300-500g,10min)去除死細胞以及細胞碎片,隨后以較高離心速度(2000xg,10min)去除生物聚合物以及凋亡小體,然后用10000xg,30min離心去除大型囊泡,結尾以超速離心沉淀外泌體。通過懸浮以及重復超速離心去除外泌體沉淀中的非外泌體蛋白。超速離心法具有操作簡單、不易被分離試劑污染、獲得的外泌體數(shù)量較多等優(yōu)點。但是此方法需要昂貴的超高速離心機,每次處理的樣本量較小,費時,電鏡鑒定時還發(fā)現(xiàn)外泌體易聚集成塊,且上清中仍能檢測到大型囊泡,純度不高,另外高速離心會損傷外泌體影響下游實驗。外泌體通過內(nèi)體途徑分泌到細胞外空間,并將各種生物活性分子(貨物)轉運至靶細胞。度梯度離心法,用此種方法分離到的外泌體純度高。
外泌體的提取分離方法:1、PEG-base沉淀法:聚乙二醇可與疏水性蛋白和脂質分子結合共沉淀,早先應用于從血清等樣本中收集病毒,現(xiàn)在也被用來沉淀外泌體,其原理可能與競爭性結合游離水分子有關。利用PEG沉淀外泌體存在不少問題:比如純度和回收率低,雜蛋白較多(假陽性),顆粒大小不均一,產(chǎn)生難以去除的聚合物,機械力或者吐溫-20等化學添加物將會破壞外泌體等,因此發(fā)表文章時易受質疑。2、試劑盒提?。航鼛啄陙恚袌錾弦殉霈F(xiàn)各種商業(yè)化的外泌體提取試劑盒,有的是通過特殊設計的過濾器過濾掉雜質成分,有的則采用空間排阻色譜法(SEC)進行分離純化,也有的則利用化合物沉淀將法外泌體沉淀出來。超離法是較常用的外泌體純化手段。牛奶 外泌體
尚未完全發(fā)現(xiàn)調(diào)節(jié)外泌體細胞結合的途徑。干細胞外泌體示蹤
尺寸排阻色譜法(SEC)根據(jù)大小來分離樣本。該技術應用了一個裝有多孔聚合物珠的色譜柱,該聚合物珠包含多個孔和通道,分子根據(jù)其直徑穿過。半徑小的分子穿過柱子的孔遷移需要較長的時間,而大分子則較早地從柱子上洗脫下來。SEC可精確分離大分子和小分子。與離心分離方法相比,SEC分離的外泌體不受剪切力的影響,剪切力可能會改變囊泡的結構。此方法分離到的外泌體純度較高,在電鏡下大小均一,但是獲取量少,所需設備特殊。此外,SEC方法與超濾相結合已被用于尿液來源的外泌體的分離和分析。干細胞外泌體示蹤
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